お待たせいたしました。何とか、ブログが復旧しました。
個別ページへのリンクも500エラーになることなく表示できます。
秘密のコメントや細かい設定については徐々に反映させていくつもりです。
今回引っかかりながらも何とかなったダイナミックパブリッシング化は以下のプラグインのおかげです。
Perl版ダイナミック・パブリッシング（MT4用） - The blog of H.Fujimoto
うちはさくらインターネットのスタンダードプランで動かしているので.htaccessにphpの記述してはならないために自分でphp.iniの記述をしないといけないんですが（といっても生成された.htaccessの中身からOptionsの行を削除したものをコピペしてアップロードするだけ。.htaccessもOptionsの行を削除したものをアップロードしておく）、それ以外は特に問題はありませんでした。
しかし何でここまで引っかかったんだか...orz
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